现在越来越多的儿童也步入CT扫描的队伍中，殊不知儿童对于射线的敏感度远远高于中成年人，大约十倍左右，各组织器官有可能显现出辐射能引起的有害效应，尤其对眼晶体、胸腺、性腺、甲状腺、血液和造血系统等。
对于儿童在CT检查中的致癌率是高于中成年人的，且易诱发例如白血病、肺癌、甲状腺癌等严重的遗传性疾病。接受同样剂量放射辐射, 儿童一生患癌症的风险远高于成人, 且年龄越小危险性越大。
CT的辐射剂量远高于普通常规X线摄影，一次胸部CT扫描的剂量相当于拍400次胸片，因此，应严格控制滥开CT申请单。且儿童进行CT检查时，医师应该更为精准的，减少失误，设置体位时对不需受照射的组织可使用铅眼镜、铅围裙、铅帽等防护用品加以遮盖，有儿科的医院应配备专门的儿童用性腺防护片，对儿童性腺的防护效果能达到90%左右。